2036 年 2 月 6 日 15 时 28 分 15 秒。世界上所有的电脑，由于超出了自 1900 年开始计算的数字标准时间上限值 42 亿 9496 万 7295 秒，导致全球防卫攻击系统陷入误操作这一最糟糕的事态。

军事卫星的咆哮如同神之铁锤一般倾注在地上，瞬间毁灭了世界上最主要的都市。纽约、伦敦、上海、莫斯科以及新宿。这就是后来被称作“失落之晨”的大规模灾害。

这场灾害，是否就是对人类实施的制裁呢？若是的话，施加制裁的究竟是何人？还是说，这只不过是更加惨烈的灾厄的序章？在混乱的趋势逐渐诞生之时，匿名代码的故事开幕了。舞台是 2037 年的东京都，中野区。

「——将神，……显示全部黑掉吧！」

2037 年，在幸免于“Sad Morning”的东京中野，主人公高冈步论和朋友弓川十字一起过着从事黑客工作的生活。

某天，步论在没有对象的情况下宣布“私奔”，在应该没人的聚会场所遇到了谜之少女“小桃”。紧接着，追击小桃的谜之袭击者出现。在逃生过程中，步论设法摆脱了困境，获得了一个可以让他像游戏一样记录和重新开始的“Save & Load”程序。

然而，这只是一系列事件的开端……一个接一个地设下不可解任务“Quest”的谜之天才黑客“Cicada3301”。复活本该被冻结的地球模拟器的“垓机关”。还有在暗地里活跃的梵蒂冈“513 圣务室”的刺客。步论因与小桃的相遇而卷入各种思惑，并面对一个将震撼世界的重大事件。在黑入和使用“Save & Load”之后，等待着的真相是什么？
“黑入”现实的无数分支，“加载”拯救世界的结局吧！这就是，改写未来的“黑客”的故事。