前作“炼金术士玛莉”(Atelier Marie) 的主角玛洛娜，从学院毕业已经一年了。少女艾菲尔 (Elfir) 曾感染传染病，因玛洛娜相救才免于一死。而成为炼金术士的艾菲尔，将在本游戏“炼金术士艾莉”(Atelier Elie) 中努力学习，以成为像玛莉一样优秀的炼金术士为目标！

与“炼金术士玛莉”不同的是，本游戏新增了全新的道具调合系统。运用成分调和 (Blend) 和创作调和 (Original)，完成丰富的道具收藏吧！通往炼金术士的道路又再度开启了！