21 世纪 50 年代的某个时候，世界变得危机四伏——恐怖分子、毒枭和无政府国家横行肆虐，借助暴力和诡计谋求全球霸权。一种被称为“灰死病”的致命病毒正在全球蔓延，而唯一已知的解药是一种名为“安布罗西亚”的化学制剂，由维萨生命公司（VersaLife）制造。然而，安布罗西亚的供应极为稀缺，各国政府，尤其是美国，严密地监控并控制着解药的分发对象。

作为对这一局势的抗议，法国恐怖组织“剪影”（Silhouette）炸毁了象征法美友谊的自由女神像。作为回应，联合国反恐联盟组织（UNATCO）应运而生，并在自由岛地下建立总部，其使命是打击恐怖主义，维护全球和平。JC·登顿是一名拥有纳米增强能力的新……显示全部晋特工，刚刚加入 UNATCO 服役。他的哥哥保罗早已是该组织的资深特工。正当 JC 在第一天报到之际，国家分裂主义力量（NSF）突然袭击了 UNATCO 总部内的一批安布罗西亚补给。

《杀出重围》（Deus Ex）是一款黑暗风格的赛博朋克游戏，融合了第一人称射击和角色扮演玩法，兼具潜行和解谜要素。玩家将扮演 UNATCO 的反恐特工 JC·登顿，对抗一个庞大的全球阴谋。他必须与人物互动、收集武器并完成各种任务。尽管 JC 的任务流程相对固定，但玩家可以在武器、技术技能和体能方面对其进行个性化定制。完成任务可获得技能点，用以提升 JC 在 11 个不同领域中的熟练度，例如提升不同武器的伤害、增强开锁或黑客能力等，每项技能都有四个等级。

另一种定制方式是为 JC 安装纳米增强装置，这些赛博义体可赋予他超人般的能力。JC 最多可在九个身体部位同时安装增强模块，不仅增强战斗能力，还可用于克服游戏世界中的障碍，例如跳跃至高处、游泳、搬运重物等。武器也可以进行定制，包括提升射程、精度、弹匣容量，或加装瞄准镜、消音器、激光瞄具等配件。

JC 将前往全球多个地区执行任务。游戏中的城市及多数任务区域设计广阔开放，支持玩家用不同方式解决相同问题，依照各自的游玩风格自由选择。大多数任务既可通过强攻，也可通过潜行或大量使用开锁、黑客技能来完成。在关键节点上，玩家做出的选择也会影响剧情走向。与《网络奇兵》系列相似，游戏环境高度互动，玩家可拾取、使用、丢弃各种物品。