世界树迷宫 3 更新增了几个新职业和副职业系统，而职业也被重新的命名为“王子 (公主)，忍者，海盗，守护者，僧侣，战士，占星术士，弩炮手，兽王和农夫”，除了拥有不同的特性，技能外，也为本作增加了不少游戏性和难度。本作在职业与技能之间的平衡是非常的重要的，因为难度提高了，战斗就变得更吃力了。

与前作不同的是，本作的怪物血量是难以想象的多，而且他们的攻击又是异常的高，如果队伍中没有补血的职业是很难完成任何一个任务的。本作更新增了“大航海任务”，除了增加玩家们在单人游戏后的可玩性之外，也让树友们能够与朋友一起游玩，冒险。相比前作，本作大大的提高了在游戏性上的难度和款式。