百鬼城的舞台是日本的江户时代。犯罪者们被送往的流放岛屿——百鬼岛。这座岛上关押着企图推翻幕府政权，密谋咒杀要人的天才阴阳家——鬼泻道满。

然后有一天，有人向江户城里送去了人头。包括百鬼城的警卫官员，以及面目全非的犯罪者。

“贡品 目录·三个人头 百鬼城城主敬上”幕府的搜索部门也已经收到了在百鬼岛上出现了奇怪的城邑的消息。

当时的将军家宗断定这件事是鬼泻道满所为。于是命令 4 名朝廷密探 (玩家) 调查百鬼城，并暗杀鬼泻道满。