游戏的剧情开始于一代游戏结束不久。这次他将会负责调查一起牵涉全球范围的黑市军火交易，新的冒险中玩家将再次随同琼斯一起揭开事实的真相，粉碎敌人的阴谋以及拯救整个世界。

在“隐秘行动”中将会继续讲述为秘密组织 IGI 工作的前 SAS 队员大卫琼斯 (David Jones) 的故事，游戏的剧情开始于一代游戏结束不久。这次他将会负责调查一起牵涉全球范围的黑市军火交易，新的冒险中玩家将再次随同琼斯一起揭开事实的真相，粉碎敌人的阴谋以及拯救整个世界。

在游戏中玩家会发现《秘密潜入 2》中也包含了同一代相似的一些秘密的任务和间谍主题, 玩家将会和琼斯一起经历你所能想像到的各种历险，这包括监视……显示全部、刺杀、偷窃、逃亡和暴力攻击等等。

玩家还将会渗透进入空军基地、港口，可使用突击步枪、导弹发射器等武器，并且这些武器不论是从外形上还是从性能上都更加接近真实，游戏中的常规武器包括手枪、冲锋枪、机枪、狙击步枪、火箭发射器和手雷等等。

在秘密潜入 2 隐蔽打击的单机部分中包含了 19 个任务关卡其涉及的场景包括室内、室外，城市、乡村，山地、海滨。