游戏中以中世纪日本战国时代为舞台，描述幕府将军足利为了镇压在大和之后暗中活跃的大僧正文观所引发的尊皇政变而展开行动，而文观不甘束手就戮，为了对抗幕府的军事力量而与山之民御雷一族联手，并使用长野代代相传的秘术开启异界之门，并率领无数妖怪准备占领京城。

而就在文观准备行动的此时，统帅日本全国神宫、神社的出云在及早发现文观的行动意图之后，为了阻止这些异形出现在现世之中，因此派出身为神杀师的主角 Shinatra 为了讨伐文观前往京城。但在 Shinatra 之前，已经先有 7 名神杀师前往京城而尚未归来……而就在 Shinatra 为了对抗文观而用尽力量之时，在千钧一发中幸得幕府安排的 Kur……显示全部eha 帮助才幸免于难。

为了对抗魔都化的京城以及拥有强大力量的文观，因此 Shinatra 在取得封印在出云，于太古时期为天神所打倒封印的强大力量“大蛇”的力量之后再度回到京城，展开讨伐文观的最后之战。