在多年的和平之后，马力欧和大金刚再次展开对决——这次是在 Game Boy Advance 上。大金刚偷走了所有迷你马力欧玩具，这使得马力欧玩具公司陷入了困境。现在，马力欧必须追踪他的老对手，并夺回被窃取的物品。

作为马力欧，你必须穿越充满挑战的关卡，在找到钥匙并释放迷你马力欧之前，要确保时间不耗尽。在这个过程中，你会掌握新的动作，这些动作可以帮助你解决新的谜题。