《质量效应 2：Shadow Broker 之巢》设定于《质量效应：救赎》之事件后的两年。

精英人类士兵 Commander Shepard 被派出进行一个任务：帮助前队伍成员 Liara T'Soni 寻找被称为 Shadow Broker 的情报商人。Liara 要求 Shepard 和她在她的公寓会面讨论有关 Shadow Broker 位置的计划。但当 Shepard 到达时，公寓被封锁了，有人试图杀死 Liara。特工 Tela Vasir 正在指挥调查 Liara 的失踪。Shepard 和 Vasir 得知 Liara 前去一栋办公楼会见一个情报提供者。当到达建筑物时，他们……显示全部遭遇到了一场有预谋的猛烈爆炸，Shepard 和他的小队从楼下向上杀出一条道路，而 Vasir 则从楼顶降落并向下行进。当 Shepard 到达办公室时，Vasir 已经到了这里而 Liara 的联系人已死。Liara 突然出现并将枪指向 Vasir。她说 Vasir 就是想杀她的人之一，而且 Vasir 有着从死亡线人处带走的含有 Shadow Broker 位置的磁盘。在接下来的对抗中，Vasir 逃走而 Shepard 和 Liara 继续追捕，并在一个旅馆的房顶击败了她。

在从 Vasir 处重新获得磁盘后，Shepard 和 Liara 得知 Shadow Broker 位于一个靠近行星 Hagalaz 的大型飞船里面。在登上飞船后，他们救出了 Liara 失踪已久的搭档 Feron，而 Feron 在《质量效应：救赎》事件后被关在飞船的监狱中。在他们最终到达 Shadow Broker 的办公室后，Shadow Broker 和 Shapard 与 Liara 进行了一场殊死的搏斗，Shepard 转移了 Broker 的注意力，而 Liara 破坏了天花板上流向 Shadow Broker 的液体。这液体可以保护 Broker 不受伤害，而他在后来的爆炸中死亡。Liara 决定取代 Shadow Broker 的位置，并答应 Shepard 她将一直和他在一起。她还提到由于 Broker 广阔的网络，她将能为 Shepard 提供更多的信息。

《质量效应 2》是玩家控制 Command Shepard 的一个动作角色扮演游戏。Shepard 的性别、外貌、历史和战斗教养都由玩家在游戏开始之前决定。游戏使用了玩家必须完成进度的多样任务。《质量效应 2：Shadow Broker 之巢》增加了一个新任务，玩家需要打败敌人并与非玩家角色进行交流。在任务中，Shepard 和两个人工智能控制的队员写作，玩家可以通过下令间接的控制他们。战斗以即时方式进行，但玩家可以在任何时候暂停来冷静的瞄准敌人，以及为队伍成员选择不同的能量。在任务的某处，一个使用不同能量的临时队员会加入队伍，而玩家必须从两个原队员中选择一个在该任务中进行休息。Shepard 和 Liara 的关系会随着他们在初代《质量效应》中的浪漫关系而发生改变。任务中有两个头目，以及一个玩家必须控制高速车辆穿出城市天空的追赶场景。

玩家可以找到六个分布于游戏任务中的升级，它可以让玩家增强武器和防具的外观。在完成《Shadow Broker 之巢》后，玩家将可到达新地点 Shadow Broker 的基地。在基地中，玩家可以使用一些带有许多功能的终端。一些终端可以显示监控录像，Shepard 机组人员的档案，以及从周围星系剪辑的视频资料库。玩家也可以购买矿山清单，它对在游戏的银河地图上标记矿产资源丰富的行星非常有用。下载包还增加了五个新的存档以作为对完成特定任务的奖励，如完成两个最困难的任务之一。