本作大致延续了《神秘档案 5》的冒险解谜游戏结构，玩家可通过少量的单词寻物获得线索物品，完成新颖巧妙的迷你游戏，更多的是具有深度机关谜题。切换场景，将线索物品进行还原，并运用智慧和策略去解开谜题，去探索恐怖丛林中的毁灭城镇，发掘埋藏了数千年之久的秘密。

《神秘档案 6》的游戏容量虽然增大不少，但也带来了更为持久的趣味游戏时间，并且游戏在周边设计上也更为豪华，不用离开游戏便可查看完善的图文攻略，观看影音文件和游戏原画，并获得壁纸。