游戏中玩家扮演超能力特殊战队的成员 NickScryer，奉命潜入敌营展开种种任务，玩家们除了以简单的武器护身之外，能保护自己的最大武器，就是各种匪夷所思的超能力了，包含念力、透视、思想控制、瞬间移动等各种超能力都是辅助游戏进行的重要因素，比如说玩家可以用意念力把敌人抓到半空中慢慢料理，或是潜入敌人的潜意识中控制敌人等，各种不同的超能力辅助使用，更方便任务进行。

在《超能力特警》中，玩家扮演的是一名为美国政府工作的超能力特殊部队成员 Nick Scryer，他是一名超能力者，具有相当强的实力。为了潜入一个正在发展壮大的名为“Movement”的恐怖组织，他进行了整容，还清除了所有记忆，那……显示全部些超能力也随着记忆的清除而失去。Nick 在一次任务行动失败后被捕，幸好被一位双面女间谍 Sara 所救，Nick 还被注射了一种能逐渐恢复超能力的物质，随着时间的流逝，他的记忆也会逐渐得到恢复。因此在游戏初期阶段，Nick 只能靠着隐匿行动和武器来消灭“Movement”的强化士兵，不过随着游戏进度的增加，Nick 也将会渐渐恢复其原本的超能力。在游戏中，主角的任务就是摧毁整个“Movement”组织，一路上会碰到各种形态的敌人，包括 Nick 的师傅 Barret，他会是主角在邪恶轴心势力遇到最强的敌人，其他 BOSS 并非容易对付，他们也拥有超能力，玩家只能寻找出对方的弱点来击败他们。