矩阵魔球是一款消除类的游戏，但游戏很有创意的将消除的场景设置在了一个虚空中的 3D 正方体上，小珠子在引力的作用下纷纷吸附在了正方体上，而你可以控制立方体的旋转和轨道上小球的发射，通过将小球发射到特定的位置，使四个以上相同颜色的小球连接消除，如果这四个以上的小球包围这另一个颜色的球，该球则会在爆炸的威力下飞起来，此时你旋转方块让其降落在适合的位子可以连锁消除。

由于小球是吸附在上面的，如果旋转速度稍微快了一点，就有可能造成其他小球的移位。当然如果你觉得没什么能够消除的了，可以快速旋转起来把所有小球全部甩出去，然后等它们重新排列。在轨道上所有小球用光之前将方块上吸附的球消光则为过关。