《反恐特遣队 2：海豹突击队》在武器方面一共有二十多种真实存在的武器，在高难度的任务完成时，每个玩家都可以针对自己的配备作不同需求的升级。

比较特殊的一点就是《反恐特遣队 2：海豹突击队》还包含了一些正在各国实验室中设计，没有面世的武器。玩家在游戏中可选择不同的武器进行游戏。