自犯罪组织 Zeed 在 Joe Musashi 手里尝到失败的滋味，已经过了 3 年。现在重组为 Neo Zeed 的他们回来了，更加残忍致命，向我们的英雄和他的 Ninja Clan 展开严酷的复仇。

将 Joe 打成重伤后，他们消失在夜空中，带走了他的未婚妻 Naoko。现在是时候手持利剑打败 Neo Zeed，在一切都太晚之前救出 Naoko！