星团联邦间权力的对抗，玩家将在战役中发现一桩不寻常的恐怖阴谋……

人类在舍弃地球后，便在外太空的行星各自组成新的国家，这些数以万计的行星国家所构成的宇宙文明，就是星团联邦。

某一天，宇宙间突然出现了一个具有强大力量却来路不明的团体，即使星团联邦如此巨大的组织，也无法避免受到神秘集团 Gnosis 的攻击，让人类遭受到濒临灭绝的危机。于是星团联邦也开始了一连串对抗 GNOSIS 的行动。

游戏中，主角的主要工作为开发对抗 GNOSIS 的机器人“KOS-MOS”，KOS-MOS 是一个具有特殊能力的战斗机器人，其力量足以和 Gnosis 抗衡。但自从 KOS-MOS 发生了暴走……显示全部事件后，主角和 Gnosis 神秘组织间的战斗，便越益地紧张激烈，而且，从战斗之中更逐步揭开了在世界某处秘密进行的重大阴谋。