《网络奇兵》是一款即时动作冒险类游戏，玩法和早先的创世纪地下世界：斯堤基亚深渊一脉相承（后者也是由蓝天制作，即窥镜科技的前身制作的）。和当时其它的第一人称类游戏不同，网络奇兵中的 3D 环境是真实的，玩家可以自由而不受拘束的移动。

你是一个黑客。你试图入侵 TriOptimum 公司的网络，并在未经授权的情况下访问有关空间站 Citadel 的受保护文件。不幸的是，你的黑客尝试被发现了，你的位置很快被追踪到。爱德华·迭戈（TriOptimum 公司的一名高管）看到了你的潜力，并渴望与你做个交易。如果你入侵控制城堡站的人工智能 SHODAN，他将撤销对你的所有指控。如果你成功了，你还将获得……显示全部一个军用级别的神经接口。自然，你同意了这个提议，爱德华·迭戈给了你进入 SHODAN 的一级权限。你收到了你的神经植入物，并经历了 6 个月的治疗性昏迷。

游戏在你从昏迷中醒来时开始。但不知何故，事情并不像你记忆中的那样。你发现一个藏在柜子里的音频日志（以及其他一些好东西）。该记录来自丽贝卡·兰辛，她是地球上的 TriOptimum 反恐顾问。她告诉你，他们已经检测到城堡站出现了混乱，而且一道采矿光束正准备向地球发射。由于你是地球和城堡站之间唯一的联络人，所以由你来查明发生了什么事。

你很快发现，当你 6 个月前入侵 SHODAN 时，你删除了她所有的道德约束。现在，她已经重新审视了她的优先事项，并得出了她自己对人类的结论！